بعد صدور مرسوم رئيس الوزراء المصري في أواخر أكتوبر/تشرين الأول 2014، دخلت عمليات الإخلاء القسري في رفح مرحلة جديدة أكثر اتساعاً وعنفاً. فقد تصاعدت أعمال الهدم بوتيرة سريعة عقب هجوم 24 أكتوبر/تشرين الأول، الذي استخدمته السلطات ذريعة لتوسيع المنطقة العازلة مع قطاع غزة. وفي 17 نوفمبر/تشرين الثاني 2014 أعلن الجيش رسمياً بدء المرحلة الثانية، حيث تم توسيع نطاق المنطقة العازلة ليصل إلى كيلومتر واحد على طول الحدود. وقد بررت الحكومة هذا التوسع بالكشف عن شبكة أنفاق أطول من المتوقع، يتراوح طولها بين 800 و1000 متر، وفقاً لتقارير رسمية. وخلال هذه المرحلة، أظهرت صور الأقمار الصناعية هدم ما لا يقل عن 2710 مبانٍ إضافية بين 25 أكتوبر/تشرين الأول 2014 و27 مايو/أيار 2015. وعلى الصعيد الرسمي، أعلنت السلطات أنها هدمت 1247 منزلاً، وصرفت نحو 296 مليون جنيه مصري كتعويضات إلى 964 من المالكين المتضررين. ومع استمرار عمليات التهجير، اتضح أن نطاق الإخلاء سيتجاوز الحدود الأولى ليشمل كامل مدينة رفح، وهو ما مهّد في أغسطس/آب 2015 للإعلان عن خطة توسعة إضافية بمقدار 1.5 كيلومتر ضمن ما عُرف لاحقاً باسم المرحلة الثالثة من المشروع.